【笔记】FASTGA无参基因组比对快速上手

FastGA是一款开源的超快速双基因组比对工具能在普通笔记本电脑上几分钟内完成10 Gbp级基因组的比对。一、下载与安装下载地址wget https://github.com/thegenemyers/FASTGA/archive/refs/tags/v1.5.zipwget https://github.com/thegenemyers/FASTGA/archive/refs/tags/v1.5.tar.gz该教程编写于2026.7如后续没法下载可以查看其github发布页https://github.com/thegenemyers/FASTGA/releases解压tar -xzf v1.5.tar.gz进入文件夹cd FASTGA-1.5编译整个项目make根据个人偏好可以将编译后的文件放入bin、添加.bashrc或者使用绝对路径使用在此不多赘述。二、使用主要功能FastGA reference.fasta query.fasta [options] # 执行比对ALNtoPAF input.1aln output.paf # 将结果 .1aln 文件转换为通用 .paf格式ALNplot input.1aln output.ps # 对结果链化并生成点图Photoshop格式其它功能ALNshow以多种格式显示选定的比对结果用于查看和调试。FAtoGDB将 FASTA 文件转换为 FastGA 内部使用的基因组数据库GDB格式。GIXmake为给定的 GDB 构建基因组索引GIX。......如果追求快速开始直接使用 FastGAFastGA reference.fasta query.fasta -1:path/to/output.1aln工具会输出 ALN 格式的文件这是一种二进制压缩文件相比 PAF 能压缩十多倍。随后可以使用 ALNplot 绘制点图ALNplot test.1aln test.ps绘制结果为 Photoshop 格式可以在 PS 中打开并编辑。最后可以使用 ALNtoPAF 将 ALN 格式转化为 PAF 格式ALNtoPAF input.1aln output.paf # 不要忘了重定向转化后的文件可以用于绘制图片或者进行分析注该工具包-paf和-psl参数都会将结果直接输出至“标准输出”屏幕需要通过重定向储存文件。注该脚本没有-h和--help选项直接运行对应脚本就能查看帮助。注在LSF集群使用该脚本时出现无法识别相对路径的情况可以将路径改为绝对路径。FastGA help 文档机翻Usage: FastGA [-vkNS] [-L:log:path] [-Tint(8)] [-Pdir($TMPDIR)] [format(-paf)][-fint(10)] [-cint(85) [-sint(1000)] [-lint(100)] [-ifloat(.7)]source1:path[precursor] (#[mask[.1bed]])*[ source2:path[precursor] (#[mask[.1bed]])* ]format -paf[mxsS]* | -psl | -1:align:path[.1aln]precursor .gix | .1gdb | fa_extn | 1_extnfa_extn (.fa|.fna|.fasta)[.gz]1_extn any valid 1-code sequence file type#: 使用此掩码对前面的基因组进行软掩码-v: 详细模式运行时输出统计信息。-L: 将日志输出到指定文件。-k: 保留任何生成的 .1gdb 和 .gix 文件。-N: 不进行软掩码。-S: 使用对称种子不推荐。-T: 使用的线程数。-P: 用于临时文件的目录。-paf: 流式输出 PAF 格式-pafx: 流式输出 PAF 格式CIGAR 字符串中使用 X-pafm: 流式输出 PAF 格式CIGAR 字符串中使用 -pafs: 流式输出 PAF 格式使用简短形式的 CS 字符串-pafS: 流式输出 PAF 格式使用长形式的 CS 字符串-psl: 流式输出 PSL 格式-1: 生成 1-code 输出到指定文件-f: 自适应种子计数截断值-c: 两个基因组中最小种子链覆盖-s: 启动新种子链的阈值-l: 最小比对长度-i: 最小比对一致性-S: 从两个基因组中种子适配体